1997	國民大會決議廢台灣省

1998	馬英九當選台北市長，陳水扁落選

1999	李登輝發表兩國論。九二一大地震

2000	陳水扁當選中華民國第10任總統，並宣誓「四不一沒有」的主張。 李登輝辭國民黨主席

2001	廈門和金門、馬祖實施小三通。中華民國以「台澎金馬個別關稅領域」為名加入世界貿易組織

2002	陳水扁在世界台灣人大會東京年會上，提出「台灣中國，一邊一國」的主張

2003	首次實施台商春節包機。 兩岸爆發嚴重SARS疫情

2004	台灣舉辦二二八手護台灣活動，紀念二二八事件57週年，抗議中國大陸以600枚飛彈對準台灣，估計有近200萬人參加。 發生三一九槍擊事件，陳水扁、呂秀蓮遇襲

2005	辜振甫逝世，張俊雄繼任海基會董事長。中華人民共和國通過反分裂國家法。3•26護台灣大遊行在台北舉行，抗議反分裂國家法的制定。中國國民黨主席連戰率團訪問中國大陸（中國國民黨和平之旅）親民黨主席宋楚瑜率團訪問中國大陸（親民黨搭橋之旅）新黨主席郁慕明率團訪問中國大陸（台灣新黨民族之旅）

2006	中華民國總統陳水扁正式宣布終止國家統一委員會與國家統一綱領的適用。百萬人民倒扁運動由前民進黨主席施明德正式發動抗爭

2007	台灣高速鐵路通車。二二八國家紀念館正式揭牌開幕。台灣入聯、返聯大遊行分別在高雄市與台中市舉行

2008	中國乳製品含三聚氰胺，衛生署要求全面下架，並與大陸建立食品安全緊急通報機制。國民年金與勞保年金2008年完成立法，並分別於2008年10月及2009年元旦實施，台灣邁入社會安全制度完整國家。陳水扁成為中華民國史上第一位被起訴的卸任元首